Tháng 8/986, ông được em họ là Thiên hoàng Ichijō phong làm Thái tử[7] dưới ảnh hưởng của họ ngoại mình, dòng Fujiwara hiện đang giữ chức Nhiếp chính quan bạch của triều đình.

Ngày 16 tháng 7 năm 1011, Thiên hoàng Ichijō thoái vị và Thái tử Iyasada chính thức lên ngôi[8] và lấy hiệu là Thiên hoàng Sanjō. Ông đổi niên hiệu của anh họ thành niên hiệu Kanko nguyên niên (7/1011 - 12/1012).

Tháng 8/1011, Fujiwara Michinaga được Thiên hoàng ban cấp đặc quyền đi khắp các nơi bằng xe bò kéo (nhà ở, nơi làm việc).[7]

Cuối năm 1011, dưới sức ép của Michinaga[9], Thiên hoàng buộc phải phế ngôi Thái tử của con trưởng là Hoàng tử Atsuakira, trao chức vị này cho con thứ hai là hoàng tử Atsunari, con trai của cựu hoàng Ichijō.

Đầu năm 1012, Thiên hoàng Sanjō có cuộc hôn nhân với công nương Kenshi[6], con gái của Michinaga. Cuộc hôn nhân này đã sinh ra công chúa Teishi. Bà này về sau trở thành vợ của Thiên hoàng Go-Suzaku và là mẹ (Thái hậu) của Thiên hoàng Go-Sanjō. Nhờ cuộc hôn nhân này, Michinaga vươn lên đỉnh cao quyền lực của dòng họ Fujiwara.

Năm 1013, triều đình nhiều lần đi viếng thăm các đền thần Shinto để cầu mong bình an như đền thờ thần Hachiman, đền Kamo, 21 ngôi chùa ở nước Nhật[10]

Năm 1013, 1014, cung điện Hoàng gia bị cháy hai lần và triều đình đã phải lao vào cuộc sửa chữa rất tốn kém[10]. Có thể trong các lần sửa chữa đó, Thiên hoàng bị mù mắt (trong đợt bị hỏa hoạn lần 2, tháng 12/1015).

Ngày 10 tháng 3 năm 1016, bi mù mắt nặng, Thiên hoàng Sanjō thoái vị và nhường ngôi cho cháu họ là thân vương Atsuhira[11], con trai của vua anh Ichijō. Vị thân vương chính thức lên ngôi, hiệu là Thiên hoàng Go-Ichijō.

Sau đó, ông vào chùa tu tập, qua đời ở tuổi 42[4].

Kugyō

• Kampaku, Fujiwara no Michinaga (藤原道長), 966-1027.
• Tả đại thần, Fujiwara no Michinaga.
• Hữu đại thần, Fujiwara no Akimitsu (藤原顕光)
• Nội đại thần, Fujiwara no Kinsue (藤原公季)
• đại nạp ngôn

Niên hiệu

• Kanko (1004-1012)
• Chōwa (1012-1017)